Caracterizacion molecular de bacterias gram positivas del banco de cepas de la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca

Mendez Dimate, Yury Hasbleidy | 2018

Caracterización molecular de bacterias gram positivas del banco de cepas de la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca

Consuelo Sánchez, Ligia Consuelo | 2018-11

Actualmente en el cepario la caracterización de las bacterias Gram positivas, se ha llevado a cabo solo por pruebas bioquímicas y microbiológicas, por lo cual el objetivo de este proyecto fue caracterizar a nivel molecular las bacterias Gram positivas del banco de cepas de la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, utilizando técnicas moleculares. La metodología incluyó la evaluación de las características fenotípicas de las cepas Gram positivas, e identificación bioquímica. Se obtuvo ADN total con el kit “QUICKDNATM Universal Kit – DE ZYMO RESEARCH” Fluidos biológicos y protocolo celular. La amplificación con PCR del producto se evaluó por electroforesis en gel de agarosa 2% con buffer TAE 1X. Los productos obtenidos fueron secuenciados con los primers 16S-8F y 16S-1492R. Los resultados se editaron en el programa Chromas 2.6.5, y se compararon con las que se encuentran en las bases de datos del GenBank del NCBI (USA) con un porcentaje de identidad igual o mayor al 97%. A partir de los resultados se identificaron 7 bacterias Gram positivas, que concuerdan con los datos fenotípicos del cepario y 3 bacterias que presentaron resultados erráticos (<60pb). Con base a los resultados obtenidos, el presente proyecto fortalece el Banco de cepas de la UCMC, posibilitando la participación en diferentes investigaciones u otros escenarios, incidiendo en el reconocimiento de otras universidades e instituciones, con el fin de generar espacios para consolidarla económicamente. Con estos resultados se pretende, registrar las cepas caracterizadas ante el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos “Alexander von Humboldt”.

Comparación entre la identificación de virus de Papiloma humano en muestras emparejadas de tejido cervical y orina.

Soto De León, Sara Cecilia | 2019

La infección por el Virus del Papiloma Humano (VPH), es una de las infecciones de transmisión sexual (ITS) más frecuentes en hombres y mujeres, donde con una infección persistente puede llegar a generar Cáncer de Cuello Uterino (CCU), el cual sigue siendo un grave problema de salud pública alrededor del mundo, el cual ocupa el segundo lugar entre los canceres que afectan al género femenino, como se evidencia en América del Sur donde Colombia presenta un 48.2% de incidencia de CCU. El VPH hace parte de una familia de virus de ADN capaces de infectar queratinocitos de la piel y mucosas. Estos virus están involucrados en una variedad de lesiones de importancia clínica que van desde verrugas benignas, como también lesiones intraepiteliales de alto y bajo grado NIC, y CCU, dependiendo del tipo de VPH involucrado en la infección. 40 tipos de VPH son capaces de infectar la mucosa genital, los tipos de VPH se clasificaron de “alto grado” o tipos oncogénicos ya que son capaces de generan cáncer, y tipos no oncogénicos o de “bajo grado” al ser estos productores de verrugas genitales. Los tipos VPH 18 y 16 son los tipos oncogénicos más comunes, mientras que VPH 11 y 6 son los tipos de “bajo grado” más frecuentes. El virus de papiloma humano (VPH) como principal agente etiológico del cáncer de cuello uterino (CCU), se considera de importancia en salud pública, pues se estima que la mayor parte de la población ha tenido al menos un tipo de VPH a lo largo de su vida, y aunque no todos los tipos virales llevan a una progresión del cáncer y pueden resolverse solos, es necesario realizar una detección temprana y oportuna de aquellos tipos virales que puedan indicar un riesgo mayor, como los de tipo oncogénico. En muestras de tejido cervical y de orina de 216 mujeres del departamento del Amazonas, se realizó la detección de ADN de ocho tipos de VPH de alto riesgo (16, 18, 31, 33, 45, 51,52 Y 58) mediante PCR; a partir de esto se establecieron las características operativas de cada tipo de muestra, tomando como Gold estándar el test de Roche Cobas® 4800 HPV. La idea de la utilización de la orina como muestra opcional para la detección de VPH es de gran valor ya que se pretende eliminar barreras culturales y sociales favoreciendo que las mujeres accedan a la realización del examen. El presente estudio detecto VPH –HR en muestras emparejadas de tejido cervical y de orina, las cuales arrojaron resultados similares (14, 35 para muestras de tejido cervical y 10,35 muestras de orina), donde al ser comparadas con el test de referencia Roche Cobas® 4800 HPV este detecto VPH – HR en un 16,59. A su vez, las características operativas de las pruebas (PCR), utilizadas en muestras de tejido cervical, y de orina, arrojaron mayor sensibilidad en muestras de tejido cervical frente a la detección de VPH – HR como lo son VPH 31, VPH 33, VPH 52 y VPH 58. Por otra parte, en muestras de tejido cervical emparejadas con muestras de orina se presentó mayor sensibilidad en la detección de VPH – HR en muestras de tejido cervical, y en términos de especificidad las dos muestras arrojaron resultados similares (14,35 muestras de tejido cervical y 10,65 muestras de orina). Los resultados del presente estudio han permitido determinar la técnica de auto muestreo (orina), como una herramienta eficaz y económica para ser utilizada en el cribado de CCU, la cual es presentada como una técnica de mayor aceptabilidad entre las mujeres.

Estudio metagenómico de la diversidad Procariota y Eucariota de agua y sedimento marino de la isla Livingston, Antártida

Posada Buitrago, Martha Lucía | 2019-01

La Antártida el lugar más frío del planeta, ha sido catalogada por mucho tiempo como poco portador de microorganismos. Por sus características geológicas y por disputas territoriales el lugar había sido poco estudiado. Con la firma del Tratado Antártico en el año 1959 la Antártida se ha visitado y aprovechado únicamente con fines científicos. La “Expedición Almirante Padilla”, es la tercera expedición organizada por Colombia desde que se unió al tratado Antártico. Durante esta expedición en la isla Livingston, se recogieron las muestras de agua y sediento marino, que se estudiaron es este proyecto a través de técnicas de metagenómica. Se realizó extracción de ADN a las dos muestras por el kit comercial de extracción ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep, el cual fue analizado por la plataforma de secuenciación de próxima generación Illumina Mi Seq, a partir de las regiones 16S y 18S del rRNA de procariotas y eucariotas, respectivamente. Los datos se analizaron por los programas bioinformáticos DADA2 y QIIME, las secuencias obtenidas se compararon en el genebank por el algoritmo BLASTN. En análisis se obtuvieron 244390 secuencias crudas, de las cuales se clasificaron como OTU (Unidades Taxonómicas Operacionales) solo 405 secuencias. El 41% de estas se calificaron taxonómicamente desde phylum, clase, orden, familia, género y especie, tanto para procariotas como eucariotas, y el 59% restante correspondieron a secuencias no identificadas. Los filos Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes fueron predominantes en procariotas y los filos SAR y Opisthokonta en el caso de los eucariotas.

Genotipificación del promotor de CHRDL2 para la búsqueda de variantes potencialmente relacionadas con la etiología del cáncer colorrectal

Posada Buitrago, Martha Lucía | 2019-01

El cáncer colorrectal (CCR) es el resultado de la acumulación de alteraciones genéticas y epigenéticas en el genoma de las células de la mucosa del colon que conduce a la transformación de una célula normal a una célula neoplásica. Variantes en la secuencia de ADN de la región promotora podrían desempeñar un papel importante en la regulación de genes favoreciendo con esto la susceptibilidad a la enfermedad. En el presente estudio se empleó la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con primers específicos y posterior secuenciación de Sanger para la identificación de variantes de baja frecuencia en una región de 595pb del promotor del oncogén CHRDL2 en 45 muestras de biopsias de tejido tumoral procedentes de pacientes diagnosticados con cáncer de colon o recto. La secuenciación de esta región promotora permitió identificar tres polimorfismos de nucleótido único (SNPs): c.-150C<T en 7 muestras, c.-357C<T en 35 muestras y c.-417C<T en 33 muestras. La frecuencia alélica mínima (MAF) reportada en Ensembl determino que estos polimorfismos son frecuentes en la población y por lo tanto no son causa de la patología, lo cual indica que variantes en este fragmento de la región promotora no se relacionan con la etiología del CCR.

Mecanismo de infección del VPH y métodos moleculares para su identificación. revisión documental

Hernandez Rojas, Edith | 2020

El VPH representa una gran amenaza para de desarrollo de diferentes enfermedades como el Cáncer de cuello uterino, el cual presenta una gran prevalencia en mujeres jóvenes en Colombia y a nivel mundial, también se ha encontrado relacionado con otros cánceres como los son el de vulva, vagina, ano, pene y algunos tumores orofaríngeos, representando no solo una amenaza para las mujeres sino también para los hombres, debido a su tropismo por diferentes epitelios, se clasifica según su capacidad oncogénica, en VPH de alto y bajo riesgo; el diagnóstico temprano de esta infección reduce la notablemente la posibilidad de desarrollar cáncer, por lo que es muy importante conocer sus características genéticas y sus mecanismos de infección; la biología molecular, es una herramienta muy útil que ha permitido desarrollar técnicas que determinen la presencia o ausencia de estos virus en las célula, adicionalmente al pasar de los años, se han desarrollado técnicas que permiten identificar de manera rápida y confiable el tipo específico del virus que genera la infección, siendo de gran importancia, para el tratamiento y pronóstico de la enfermedad. En la siguiente revisión se explican las generalidades del VPH, sus mecanismos de infección y otras características relacionadas con el curso de la enfermedad, adicionalmente se encuentran las características de las principales técnicas moleculares para su detección, con sus ventajas y desventajas y una recopilación de los principales cebadores empleados para su diagnóstico.

Mejoramiento del cepario de la universidad Colegio Mayor de Cundinamarca mediante la caracterización molecular de la colección de cepas gram negativas

Sánchez Leal, Sánchez Leal | 2018

Los métodos moleculares se han establecido como procedimientos que verifican la identificación fenotípica, cuando se necesita la identidad exacta de un microorganismo. La Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca cuenta con una colección de 97 bacterias, que reposan en el Laboratorio Central, todas ellas, manejadas de acuerdo con los protocolos internacionales y niveles de bioseguridad descritos por el CDC de Atlanta. Su identificación actualmente está suministrada por fenotipificación con pruebas bioquímicas por medio del Sistema rápido BBL Crystal. El objetivo de este proyecto fue fortalecer la colección de 41 cepas bacterianas Gram negativas, mediante la identificación molecular de las bacterias. La metodología utilizada fue la obtención de ADN total con el Kit: Zymo Research Quick-DNA Universal, la amplificación del producto de la extracción mediante PCR con evaluación por electroforesis en gel de agarosa 2% con Buffer TAE 1X. El producto de PCR fue enviado al centro de investigación CorpoGen, donde fue secuenciado con los primers 16S8F y 16S-1492R y su edición se realizó con el programa Chromas Lite (versión 2.6.5). Las secuencias editadas, fueron comparadas con las bases de datos pertenecientes al GenBank del NCBI (USA) con el algoritmo BLASTn, asumiendo una identidad significativa superior o igual al 97%.Los resultados obtenidos permitieron identificar molecularmente 17 bacterias, 6 de ellas hasta género, y 11 hasta especie. Las 9 bacterias restantes, arrojaron resultados erráticos. A futuro, se espera establecer una nueva base de datos para posterior registro de la Colección.

Mejoramiento del Cepario de la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca mediante la caracterización molecular de la colección de cepas gram negativas

Sanchez Leal, Ligia Consuelo | 2018-05-31

Los métodos moleculares se han establecido como procedimientos que verifican la identificación fenotípica, cuando se necesita la identidad exacta de un microorganismo. La Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca cuenta con una colección de 97 bacterias, que reposan en el Laboratorio Central, todas ellas, manejadas de acuerdo con los protocolos internacionales y niveles de bioseguridad descritos por el CDC de Atlanta. Su identificación actualmente está suministrada por fenotipificación con pruebas bioquímicas por medio del Sistema rápido BBL Crystal. El objetivo de este proyecto fue fortalecer la colección de 41 cepas bacterianas Gram negativas, mediante la identificación molecular de las bacterias. La metodología utilizada fue la obtención de ADN total con el Kit: Zymo Research Quick-DNA Universal, la amplificación del producto de la extracción mediante PCR con evaluación por electroforesis en gel de agarosa 2% con Buffer TAE 1X. El producto de PCR fue enviado al centro de investigación CorpoGen, donde fue secuenciado con los primers 16S8F y 16S-1492R y su edición se realizó con el programa Chromas Lite (versión 2.6.5). Las secuencias editadas, fueron comparadas con las bases de datos pertenecientes al GenBank del NCBI (USA) con el algoritmo BLASTn, asumiendo una identidad significativa superior o igual al 97%.Los resultados obtenidos permitieron identificar molecularmente 17 bacterias, 6 de ellas hasta género, y 11 hasta especie. Las 9 bacterias restantes, arrojaron resultados erráticos. A futuro, se espera establecer una nueva base de datos para posterior registro de la Colección

Revisión documental sobre el Microbioma Humano usado en genética forense con enfasis en agresiones Sexuales.

Vargas Díaz, Luis Eduardo | 2021-05-27

Por medio de la revisión y la actualización de la literatura científica existente sobre el tema, se verifica si la población microbiana de un indiciado y la recuperada en evidencias producto de agresiones sexuales, se correlacionan, de tal manera que se puedan encontrar hallazgos vinculantes. Próximamente, en el futuro se podrá usar muestras de Microbioma humano recolectadas en una escena del crimen como evidencia para deducir en donde se encontraba un posible sospechoso, el origen étnico de una persona o probar si un ataque sexual se perpetuo, cuando la evidencia de ADN sea insuficiente o nula. Pues el avance en la secuenciación y el surgimiento de técnicas de análisis del ARNr 16S prometen ser los testigos fieles en casos forenses. Como es bien sabido en casi todo lo que nos rodea se pueden encontrar microorganismos (p. Ej., Virus, bacterias y muchos hongos), estableciendo comunidades notablemente diversas y ubicuas. Que benefician al desarrollo de nuevas investigaciones donde sea beneficioso el usar estos microrganismos; de la relación del conocimiento y la experiencia de la microbiología y el análisis forense, nació el análisis forense microbiano o microbiología forense. Esta ciencia emplea métodos microbiológicos para analizar evidencia involucrada en un millar de casos criminales con el objetivo clásico de atribución forense. Por ello nace la idea de que a través del microbioma sea posible analizar y crear perfiles microbianos, para ayudar a resolver casos forenses, en especial los de violencia sexual. Pues las pruebas forenses en donde se usa el ADN desde hace más de 30 años han sido muy importantes en los casos penales y civiles, pues la evidencia de ADN es usada como un testigo invisible para establecer la conectividad de la escena del crimen y los sospechosos o las víctimas. Palabras clave: ARNr 16S, Microbioma humano, Secuenciación, Fluidos corporales, Delito sexual.