Búsqueda de regiones homólogas a péptidos antimicrobianos en el genoma de Solanum lycopersicum con acción frente a Ralstonia solanacearum

Posada Buitrago, Martha Lucía | 2019

La marchitez bacteriana en cultivos de tomate (Solanum lycopersicum), ocasionada por Ralstonia solanacearum, causante de grandes pérdidas en los cultivos. Las plantas poseen un elaborado sistema inmune, no obstante, los fitopatógenos buscan estrategias para evadir sus mecanismos de defensa y lograr invadirlas, causando que los agricultores realicen una alta inversión económica para su control. El objetivo de este trabajo es la búsqueda de regiones homólogas a péptidos antimicrobianos en el genoma de Solanum lycopersicum, que presenten un potencial efecto contra Ralstonia solanacearum. Por medio de bases de datos de Péptidos antimicrobianos (AMP) se eligieron tres péptidos tipo Defensinas encontrados en Spinacia oleracea (D1, D2, D5), luego se realizó un alineamiento de la secuencia de estos con 256 genes de Solanum lycopersicum, de los cuales tres presentaron homología con D1, se compararon los alineamientos para hallar las posiciones que presentaran cambios de aminoácidos. Por medio de I- TASSER se generó el modelo de la estructura 3D de D1 y se graficaron siete zonas con variaciones; las funciones de las posiciones afectadas fueron estudiadas, considerando las propiedades de los aminoácidos y se analizó la 12 secuencia de los péptidos homólogos en APD3, los resultados revelaron que los péptidos corresponden a AMP tipo Defensinas, coincidiendo con D1, además, los aminoácidos modificados compartieron características, por ende, se concluyó que estas variaciones no afectarían la acción antimicrobiana de los péptidos homólogos y presentarían un alto potencial para brindar una nueva estrategia de control contra la marchitez bacteriana.