La sífilis es una enfermedad sistémica de transmisión sexual, sanguínea, y vertical (congénita, perinatal y neonatal) causada por la espiroqueta Treponema pallidum subsp pallidum, que se desarrolla en etapas agudas asintomáticas o sintomáticas y puede llegar a producir infecciones crónicas con secuelas y discapacidades considerables si no es detectada y tratada oportunamente. La sífilis congénita es un importante problema de salud pública en Colombia ya que puede conllevar a padecer una condición con consecuencias graves y un alto costo humano, social y económico para los pacientes. En el presente estudio, por medio de variantes de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (PCR tr y PCR tr-sondaTaqman) se evaluó la presencia del gen TpN47 en muestras clínicas para la identificación de Treponema pallidum subsp pallidum para comparar la sensibilidad y especificidad de estas variantes. De 27 muestras procesadas de sangre total periférica y suero de gestantes y neonatos, sangre de cordón umbilical y líquido cefalorraquídeo, el 48,14% arrojaron resultados positivos para la PCR tr y el 81,48% para PCR tr-Taqman en comparación con la técnica serológica VDRL con una especificidad del 100% para ambas variantes. El límite de detección para la PCR tr y PCR tr-Taqman fue de 4,5 fg y 1,135 fg respectivamente. Se puede concluir que el gen TpN47 es una diana molecular promisoria y la variante PCR tr-Taqman es una herramienta valiosa para el diagnóstico de sífilis congénita que minimiza tanto los falsos negativos como positivos de las técnicas serológicas.