Los humedales son cuerpos de agua que permanecen en inundación durante un tiempo prolongado; se dividen en dos tipos, naturales y artificiales. Cada humedal alberga gran diversidad de microorganismos, fauna y flora; que comparten una relación biótica; con el paso del tiempo las condiciones fisicoquímicas y ambientales del humedal varían, afectando directamente la biodiversidad. Algunas de las funciones más importantes de estas relaciones bióticas son la purificación de agua, conservación de nutrientes, refugio de especies, regulación de ciclos biogeoquímicos, mitigación del cambio climático, entre otras. El presente estudio tuvo como objetivo evaluar la influencia de los factores ambientales del humedal El Salitre en la diversidad de hongos potencialmente patógenos y su interacción con la salud de la flora y fauna de la zona en un periodo de tres meses. La investigación se realizó con un enfoque experimental cualitativo, que abarcan la recolección de datos ambientales mediante el uso de bases de datos de reporte ambiental y toma de muestras de plantas que presentaran síntomas de infecciones fúngicas, se buscó identificar patrones y relaciones en hongos potencialmente patógenos y los factores ambientales. Los resultados demuestran que la variabilidad de factores ambientales podría llegar a influir en la diversidad fúngica del humedal, afectando la flora y fauna del ecosistema. Los humedales no solo son esenciales para la preservación, sino también para la estabilidad de los procesos ecológicos, subrayando la necesidad de proteger estos ecosistemas frente a cambios ambientales cada vez más intensos.