Con el propósito de conocer la frecuencia de los principales parásitos gastrointestinales y pulmonares que afectan a la población ovina y caprina de los departamentos de Cundinamarca y Tolima se recolectaron 849 muestras de materia fecal de pequeños rumiantes. Estas se procesaron por cuatro técnicas: Mc Master, Baermann, Sedimentación rápida y cultivo larvario. Posteriormente se realizó un análisis descriptivo por medio del microscopio para saber cuáles son las especies de parásitos que afectan a esta población. Se encontró que en el departamento de Cundinamarca el 37% de los pequeños rumiantes son afectados por al menos parásito gastrointestinal; la mayor frecuencia encontrada fue la familia Eimeriidae con un 27%, seguido de Trichostrongylidae con un 8% y Dyctiocaulidae con un 2%. En el departamento de Tolima se encontró que el 39% de los pequeños rumiantes presenta al menos un parásito gastrointestinal; la mayor frecuencia fue para la familia Eimeriidae con un 36%, seguido de Fasciolidae con un 4% y Trichostrongylidae con un 8%. Así que, según los resultados obtenidos en la investigación es importante implementar un manejo estratégico y tecnológico, para generar un control sobre las infecciones parasitarias debido a que los porcentajes encontrados generan una alarma sobre el manejo del animal y las parasitosis subclínicas.